Alors que l’humanité est plongée dans une crise politique qui menace d’exploser en guerre civile, une scientifique des services secrets prend une difficile décision : enlever des enfants, les entraîner et modifier leurs corps pour en faire les soldats d’élite dont a besoin l’UNSC pour empêcher l’implosion.
Mais les armes conçues par l’homme pour combattre l’homme trouvent un nouvel usage quand un nouvel ennemi, bien plus puissant et mené par une rage meurtrière religieuse, décide de mener une campagne génocidaire qui met en péril l’existence de l’humanité entière.