La guerre entre l’humanité et l’Alliance Covenante terminée, de nouveaux conflits, de moindre ampleur mais tout aussi meurtriers, font leur apparition.
Sur la planète natale des Élites, une guerre civile fait rage et les troupes de l’Arbiter, allié de l’UNSC, s’opposent aux forces rebelles qui veulent la destruction des humains, et le rétablissement de la foi envers les Forerunners. Pour l’UNSC, les conflits internes des autres forces de l’échiquier galactique sont une aubaine, sauf quand un de leurs scientifiques les plus renommés est pris dans ces conflits.