Après 27 ans de conflit, la guerre entre l’humanité et l’Alliance Covenante est terminée. Chaque camp lèche ses plaies, et tente de se remettre aussi vite que possible pour pouvoir faire face aux dangers naissants de la nouvelle galaxie.
Alors que l’UNSC exploite les découvertes faites pendant la guerre pour tenir en respect les aliens et se préparer au retour des rebelles, les services secrets de l’ONI décident de détacher une petite équipe, Kilo-5, pour alimenter la guerre civile qui fait rage chez les Élites, déchirés entre religion et haine des humains alors que l’Alliance qui les réduisait à de simples soldats n’est plus là pour les soutenir.